임질은 일반적으로 항생제를 이용해 치료한다. 이대목동병원 비뇨기과 심봉석 교수는 "임균 자체가 다른 균주에 비해 변종이 잘 생겨 기존 항생제에 쉽게 내성을 갖는다"며 "특히 우리나라의 경우 항생제 내성 비율이 높아 기존의 치료제로는 치료 효과를 보기 어려운 경우가 많다"고 말했다. 실제로 임균은 지난 2월 세계보건기구(WHO)가 발표한 '슈퍼버그(강력한 항생제로도 치료할 수 없는 박테리아) 12종' 중 하나로 꼽혔다. 국내에서는 4종 이상 항상제가 안 듣는 비감수성 임질 균주가 2014년 14%에서 2015년 50%로 증가한 것으로 밝혀진 바 있다(질병관리본부).
새롭게 바뀐 질병관리본부와 대한요로생식기감염학회가 발표한 치료 가이드라인에서는 임질 치료를 위해 항생제를 고용량으로 사용할 것을 권장한다. 기존에 사용하던 저용량 경구용 항생제 '세픽심(cefixime)' 사용을 권장하지 않으며, 대신 주사제인 '세프트리악손(ceftriaxone)'을 기존 250㎎에서 500~1000㎎으로 고용량 사용하도록 했다. 또한, 임질 치료와 함께 또 다른 성병인 클라미디아 감염증을 치료하는 경구 치료제 '아지트로마이신(azithromycin)'을 같이 투여할 것을 권장한다. 김민의 교수는 "임질 환자의 50% 정도가 클라미디아 감염증을 동시에 가지고 있기 때문에 성 매개 감염병의 확실한 치료를 위해 병합요법을 권장하는 것"이라고 말했다.
임질은 현재 권장되는 치료법을 시행하면 환자의 90%에서 완치 효과를 볼 수 있다. 심봉석 교수는 "여성의 경우 증상이 없는 경우가 많은데, 임균에 감염된 남성이 여성과 성관계를 1회만 가져도 100% 감염되기 때문에 관계를 가진 남성이 임질 증상을 보인다면 여성은 증상이 없어도 치료를 받을 것을 권장한다"고 말했다.